De Geredja Protestan Maluku te Hoogeveen is een op zichzelf staande organisatie die op 6 augustus 1968 is ontstaan en de tenaamstelling is te danken aan het in ere herstellen van de naam welke de KNIL-militairen meenamen vanuit de Molukken. De Kerkenraad is tevens bestuursorgaan van de gemeente. De participatie van de gemeenteleden is heel belangrijk en in organisatorisch opzicht heeft de algemene ledenvergadering beslissingsbevoegdheid.
De Geredja Protestan Maluku kent een platte organisatiestructuur en ziet er als volgt uit:
