De Geredja Protestan Maluku is lid van de Persekutuan Gereja Gereja Maluku di Hoogeveen. Tot voor kort waren alle vier Hoogeveense Molukse Kerkorganisaties hieraan verbonden. T.w. De Gereja Injili Maluku, de Noodgemeente Geredja Protestan Maluku di Belanda, de Noodgemeente Geredja Protestan Maluku di Belanda mrt’53 en de Geredja Protestan Maluku. Momenteel hebben echter twee Molukse Kerkorganisaties hier zitting in: nl. De Noodgemeente Geredja Protestan Maluku di Belanda en de Geredja Protestan Maluku